불법 사무장병원을 운영하며 면세 혜택을 받던 운영자가 도로 세금을 내게 됐다. 사무장병원은 실제 진료를 의료인이 보더라도 비의료인 운영자를 부가가치세 면세 대상인 의료보건 용역(요양급여행위) 주체로 볼 수 없다는 법원 판결이 나왔기 때문이다.

서울행정법원은 최근 사무장병원 운영자 A씨가 동대문세무서장을 상대로 제기한 부가가치세부과처분취소 소송에서 A씨에게 부가가치세 5억1,202만2,065원을 납부하라고 판결했다.

A씨는 지난 2012년 의료인 B씨와 공모해 의료기관 C병원을 개설하고 요양급여비 13억9,940만3,680원을 지급받았다. 하지만 의료법 및 특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률 위반 혐의로 지난 2015년 유죄 판결을 받았다. A씨는 이에 불복해 항소했으나 서울고등법원은 이를 기각했다.

이후 지난 2019년 진행된 통합세무조사에서 C병원에서 이뤄진 요양급여행위는 면세 대상에 포함되지 않는다는 판단이 나오자 동대문세무서는 A씨에게 부가가치세 5억9,268만2,220원을 납부하라고 통보했다.

A씨는 불복해 조세심판원에 심판청구를 제기했지만 이 또한 기각되자 동대문세무서장을 상대로 서울행정법원에 처분취소를 요구하는 소송을 제기했다.

비록 사무장법원 판결을 받았다 하더라도 실제 진료는 의료인인 B씨 등이 한 만큼 부가가치세 부담은 부당하다는 것이 A씨 주장이다. 

A씨 측은 "C병원에서 환자들에게 요양급여를 제공한 것은 B씨 등 의료인이다. A씨가 병원 운영에 관여한 것과 무관하게 요양급여는 부가가치세가 면세되는 요양급여 행위에 해당한다"고 호소했다. 

그러나 법원은 의료인이 아닌 A씨가 실질적인 병원 운영 주체였던 이상 C병원에서 이뤄진 요양급여행위는 정당한 면세 대상에 포함되지 않는다고 봤다.

법원은 "부가가치세법이 규정한 부가가치가 면제되는 요양급여행위는 의료법에 규정한 의사 등이 공급 주체로서 의료법 규정에 따라 제공하는 급여행위를 의미한다"고 했다.

그러면서 "비록 B씨 등 의료인이 진료행위를 했더라도 용역을 공급한 주체는 사업자인 A씨"이며 "A씨는 의료법이 규정한 의사 등 의료기관을 개설할 수 있는 자격을 갖추지 못했으므로 이 용역은 '의료법에 따른 의사 등이 제공하는 행위'에 해당하지 않는다"고 판단했다.

실제로 병원 운영기간 동안  A씨는 행정부원장 직함을 달고 출근하면서 병원 자금관리 전반에 관여한 것으로 드러났다.

A씨에게 병원 개설 명의를 빌려주고 진료를 봤던 B씨 또한 자신이 "진료업무 이외의 직원채용이나 자금관리 등 병원 운영에 관한 사항에는 관여하지 않았다"며 "중요한 자금 집행 등 병원 운영에 관한 결재나 지시는 A씨가 했다"고 진술했다.

다만 법원은 부당무신고가산세 부분에서 A씨의 손을 들어줬다.

법원은 "부당무신고가산세 요건이 되는 '사기, 그밖의 부정한 행위' 또는 '부정행위'는 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말한다"며 "단순히 세법상 신고를 하지 않거나 허위 신고에 그치는 경우는 해당하지 않는다. 또한 납세자가 명의를 위장해 소득을 얻더라도 명의위장 사실만으로 해당 요건에 포함된다고 보기 어렵다"고 했다.

따라서 A씨가 B씨 등과 공모해 사무장병원을 개설한 행위는 "명의위장 및 그에 수반되는 행위에 불과하고 병원 운영에 따른 소득을 B씨의 사업소득으로 신고하도록 하는 등 조세포탈 목적이나 조세의 부과와 징수를 적극적으로 보기 어렵다"고 봤다.

이에 따라 법원은 동대문세무서가 A씨에게 통지한 5억9,268만2,220원 가운데 부당무신고가산세에 해당하는 8,066만155원에 대해서는 처분을 취소하고 나머지 세액에 대해서만 납부하라고 판시했다.